W 1991 r. rządy Polski i Niemiec powołały Polsko-Niemiecką Komisję Międzyrządową ds. Współpracy Regionalnej i Przygranicznej, której zadaniem jest koordynacja i określanie kierunków współpracy (w ramach Komisji działają Komitety: ds. Współpracy Przygranicznej, ds. Współpracy Międzyregionalnej i ds. Gospodarki Przestrzennej). Ponadto utworzono cały szereg instytucji zaangażowanych w rozwój współpracy transgranicznej i międzyregionalnej. W trakcie corocznych posiedzeń plenarnych Komisji omawiana jest szeroko rozumiana problematyka ułatwień w ruchu drogowym, kolejowym, rozwoju korytarzy transportowych północ-południe (w tym inicjatywa samorządowa dot. Środkowoeuropejskiego Korytarza Transportowego (CETC) oraz korytarza Bałtyk-Adriatyk, współpracy policji i służb celnych na terenach przygranicznych, wspierania rozwoju gospodarczego obszarów przygranicznych, kwestie związane ze współdziałaniem na rzecz ochrony środowiska, zagospodarowania przestrzennego, kultury, rozwoju oświaty i szkolnictwa a także koncepcja współpracy transgranicznej „Partnerstwo Odry".